傳染病醫院（含帶傳染病房綜合醫院）應設專用化糞池。被傳染病病原體污染的傳染性污染物，如含糞便等排泄物，必須按我國衛生防疫的有關規定進行嚴格消毒。消毒后的糞便等排泄物應單獨處置或排入專用化糞池，其上清液進入醫院污水處理系統。 不設化糞池的醫院應將經過消毒的排泄物按醫療廢物處理。
新（改、擴）建醫院，在設計醫院污水處理系統時應考慮將醫院病區、非病區、傳染病房、非傳染病房污水分別收集。現有醫院應盡可能將受傳染病病原體污染的污水與其他污水分別收集。特殊性質污水（如含重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水等）應單獨收集，經預處理后與醫院污水合并處理，不得將特殊性質污水隨意排入下水道。
放射科廢水、感光廢水，由專業公司回收處理。放射科其他廢水經過衰減池靜置2個月后方可排入綜合污水處理系統。
醫院污水二級處理：二級處理工藝流程為“格柵→預曝氣調節池→新型UBR系統→接觸消毒”。醫院污水通過化糞池進入預曝氣調節池。預曝氣調節池前部設置自動格柵。調節池內設提升水泵，污水經提升后進入新型UBR系統進行生物處理和污泥沉淀，出水進入接觸池消毒，出水達標排放。
